Sekolah Tinggi Ilmu Farmasi (Stifar) Yayasan Pharmasi Semarang didirikan pada tanggal 10 Agustus 2000 dengan SK Ditjen DIKTI No. 153/D/O/2000. Pada saat didirikan, Sekolah Tinggi Ilmu Farmasi (Stifar) Yayasan Pharmasi Semarang telah mempunyai 3 (tiga) Program Studi, yaitu : Program Studi Diploma III Analis Farmasi dan Makanan, Program Studi Diploma III Farmasi, Program Studi Strata Satu Farmasi.

Program Studi Diploma III Analis Farmasi dan Makanan merupakan peleburan dari Akademi Analis Farmasi dan Makanan yang telah berdiri sejak tahun 1996. Program Studi Diploma III Farmasi merupakan peleburan dari Akademi Farmasi yang didirikan pada tahun 1998. Program Studi Strata Satu Farmasi didirikan pada tanggal 10 Agustus 2000 dengan SK Ditjen DIKTI No. 153/D/O/2000. Program Pendidikan Profesi Apoteker merupakan kelanjutan dari Program Studi Strata Satu Farmasi yang akan bekerja pada kefarmasian.

Program Studi Profesi Apoteker berdiri pada Februari 2004 berdasarkan Perjanjian Kerjasama antara Apoteker Sekolah Tinggi Ilmu Farmasi (Stifar) Yayasan Pharmasi Semarang dengan Fakultas Farmasi Universitas Gadjah Mada Yogyakarta sebagai Universitas Pembinaan dan Ikatan Apoteker Indonesia (IAI) sebagai organisasi profesi farmasi di Indonesia. Sekolah Tinggi Ilmu Farmasi (Stifar) Yayasan Pharmasi Semarang berada di bawah naungan Yayasan Pharmasi Semarang yang telah eksis lebih dari 50 tahun mengelola sekolah berbasis Farmasi.